Diseño de una estrategia de identificación de bacterias ácido-lácticas mediante la técnica de análisis multilocus de secuencias (MLSA) 上市 Deposited
Lactobacillus genus has a pivotal role in the scientific, medical, biotechnological and food industry research works, because of its metabolic versatility it is possible to use them in several research models, as in the case of spB2 strain (identified as L. brevis), used to extract chitin and chitosan from shrimp wastes thus improving the quality of the polymer obtained (high molecular weight and crystallinity index) compared to the traditional chemical method. In addition, as many of the species of this genus are applied with other research purposes, it is interesting to study them, as well as the discovery of new species and their correct identification. Many of the species belonging to the genus Lactobacillus have only been identified by phenotypic methods, and some others through gene sequence comparison of 16S rRNA or by only one housekeeping gene which has resulted in redundant information with low degree of confidence. Therefore, the development of Multi Locus Sequence Analysis (MLSA) for bacterial identification will allow more accurate and reliable identification of strains still unidentified, to define new species and the taxonomic relocation of those who have been wrongly classified. In this work, seven strains of Lactobacillus were analyzed, their chromosomal DNA was isolated and 16S rRNA, gyrB, pheS, tuF and Hsp60 genes were amplified. When MLSA was carried out with the PhyML program the sequences were analyzed one by one and in a concatenated way, providing a more strict taxonomic classification from the studied strains than that one obtained when phenotypic methods and genotypic analysis of individual genes were used.
El género Lactobacillus tiene gran importancia científica, médica, alimentaria y biotecnológica. Debido a su versatilidad metabólica, es posible emplearlos como modelo de investigación científica, tal es el caso de la bacteria spB2 (identificada en este estudio como L. brevis), utilizada para la obtención de la quitina y el quitosano a partir de desechos de camarón, mejorando la calidad del polímero obtenido (mayor masa molecular e índice de cristalinidad), comparado con el método químico tradicional. Adicionalmente, muchas especies de este género presentan muchas aplicaciones, por lo que resulta interesante su estudio, así como el descubrimiento de nuevas especies y su identificación correcta. Muchas de las especies pertenecientes al género Lactobacillus sólo han sido identificadas por métodos fenotípicos y algunas otras mediante el gen 16S rRNA o algunos genes constitutivos individuales, lo que ha ocasionado que la información sea redundante y con bajo grado de confiabilidad. Por ello, el desarrollo de la estrategia de identificación por el método Análisis Multilocus de Secuencias (MLSA) para la identificación bacteriana permitirá realizar la identificación exacta y con mayor confiabilidad de cepas aún no identificadas así como definir nuevas especies y la reubicación taxonómica de aquellas que han sido indebidamente clasificadas. En este trabajo, se analizaron 7 cepas de Lactobacillus, se aisló su DNA cromosomal y amplificaron los genes 16S rRNA, gyrB, pheS, tuF y Hsp60. Se realizó una comparación de las secuencias obtenidas mediante el programa PhyML para obtener el análisis filogenético de los genes por separado así como un análisis concatenado. El MLSA es una técnica filogenética muy robusta de análisis y permitió identificar especies del género Lactobacillus. Con el análisis concatenado de los genes pheS, tuF y Hsp60, se logró establecer una clasificación taxonómica más estricta para las cepas estudiadas respecto a la obtenida utilizando metodologías fenotípicas o genotípicas con análisis de genes individuales.
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