Introducción. El tratamiento antirretroviral de gran actividad (TARGA) ha reducido de manera significativa la morbilidad y mortalidad para millones de pacientes que viven con el VIH/SIDA. Sin embargo, las mutaciones generadas por las proteínas reverso-transcriptasa (RT) del virus y la enzima de edición del ARN mensajero: apolipoproteina B (APOBEC) de la célula hospedera, son responsables de la evasión del sistema inmune intrínseco y de la falla al tratamiento antirretroviral. El estudio de las mutaciones del VIH asociadas con la resistencia a los antirretrovirales se ha enfocado principalmente en el gen de la polimerasa (pol) que codifica para las enzimas virales proteasa, reverso-transcriptasa e integrasa, que son esenciales para la formación y la replicación del VIH. Sin embargo, el estudio de las mutaciones de los genes virales accesorios como vif, nef, vpr y vpu que son de gran importancia para la evasión de las restricciones celulares a patógenos intracelulares y de los genes tat y rev que regulan las primeras etapas de la transcripción y la traducción de las proteínas virales, es limitado con respecto a su diversidad genómica en los pacientes con y sin tratamiento antirretroviral. Objetivo. Determinar la diversidad de los genes accesorios vif, nef, vpr y vpu, y de los genes reguladores tat y rev del provirus del VIH-1, bajo la presión selectiva de los fármacos antirretrovirales, en pacientes con y sin falla al TARGA, así como en pacientes sin tratamiento. Metodología. Se realizó la determinación cuantitativa del VIH integrado en el genoma del hospedero (provirus) por qPCR a partir de las PBMCs de los 3 grupos de pacientes infectados con VIH: 24 pacientes sin TARGA, 38 pacientes sin falla al TARGA y 7 pacientes con falla al TARGA. Las secuencias provirales de los 4 genes accesorios vif, nef, vpr y vpu y de los 2 genes reguladores tat y rev se obtuvieron por la técnica de Sanger. Se utilizaron los programas MEGA, SimPlot v3.5.1, Statgraphic v15, Muscle y ViPR, para el análisis filogenético comparativo de las secuencias de los 6 genes virales entre los grupos de estudio. Para el análisis filogenético de cada gen, se realizó el análisis de la diversidad y del polimorfismo de los dominios funcionales, así como la diversidad promedio del conjunto y la distancia genómica. Las secuencias de los genes vif, nef, vpr, vpu, tat y rev de los pacientes sin tratamiento se registraron en la base de datos de secuencias genéticas de los Institutos Nacionales de Salud de los EUA (NIH) GenBank. Resultados. Se obtuvieron 184 secuencias provirales de los genes accesorios y reguladores de 24 pacientes sin tratamiento antirretroviral. No fue posible obtener las secuencias de los mismos genes de los pacientes con tratamiento, por lo que se optó por utilizar secuencias previamente reportadas en la base de datos de GenBank para el análisis comparativo entre el grupo de pacientes con y sin tratamiento. Donde se encontró un tendencia a agruparse de ambos grupos en los árboles filogenéticos, una mayor similitud a la secuencia de referencia (HXB2), así como un mayor polimorfismo en los pacientes sin tratamiento con respecto a los pacientes con tratamiento; con la excepción del gen rev que mostró una diferencia filogenética, una disimilitud y un polimorfismo mayor y significativo en pacientes con tratamiento. Conclusiones. Este trabajo aporta información sobre la diversidad de los genes accesorios y reguladores del VIH en pacientes con y sin tratamiento antirretroviral. Estos pacientes presentaron características clínicas (CV, CPV y CD4) que concuerdan con lo reportado por otros autores, lo que puede significar que existe una correlación de la CPV y la probabilidad para amplificar y secuenciar partes del genoma viral. Existe una dispersión (variabilidad) de los taxa en el grupo de los pacientes sin tratamiento. El análisis de variabilidad concuerda con investigaciones previas donde se demuestra que los pacientes con tratamiento tienen una baja diversidad en el genoma proviral, con excepción del gen rev, ya que este gen presentó, en pacientes con tratamiento, un agrupamiento filogenético, una disimilitud y polimorfismo que es estadísticamente diferente a los pacientes sin tratamiento por lo que tiene que ser corroborado con estudios subsecuentes. En este estudio se realizó por primera vez un análisis comparativo de la diversidad de los genes accesorios y reguladores del VIH en pacientes mexicanos sin tratamiento antirretroviral.
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