Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) exhibit a variety of biological and clinical characteristics, influenced in part by their association with the human papillomavirus (HPV). In general, HPV-positive HNSCC cases have a better prognosis compared to HPV-negative cases. For oropharyngeal carcinoma staging, p16 overexpression is used as a surrogate marker of HPV-induced transformation. However, approximately 20% of cases show discordance between p16 expression and HPV detection, making this subgroup of tumors poorly understood. Molecular studies in HNSCC have focused on describing the mutational profile based on HPV-positive or HPV-negative status, identifying differences in the mutational burden of tumor suppressor genes. However, to date, no studies in Mexico have explored the molecular biology of HNSCC considering both HPV status and p16 expression. In this study, nextgeneration sequencing was used to target actionable genes using biopsies from the UMAE of the Oncology Hospital, CMNS XXI. Somatic variants were classified based on their clinical impact according to ACMG/AMP guidelines. A total of 87.3% of the variants were of uncertain significance, while 12.7% were potentially pathogenic. Somatic variants were identified in PIK3CA, EGFR, HRAS, FGFR4, DDR2, and MYC, with PIK3CA being the most frequently mutated gene in the HPV-positive group. Additionally, certain variants affected protein structure, while the analysis of intronic variants indicated no impact on mRNA splicing.
Los carcinomas de células escamosas de cabeza y cuello (HNSCC, por sus siglas en inglés) presentan una variedad de características biológicas y clínicas, influenciadas en parte, por su asociación con el virus del papiloma humano (VPH). En general, los HNSCC VPH positivos tienen un mejor pronóstico en comparación con los VPH negativos. Para la estadificación de los carcinomas de orofaringe, la sobreexpresión de p16 se utiliza como un marcador subrogado de la transformación inducida por VPH. Sin embargo, aproximadamente 20% de los casos presentan discordancia entre la expresión de p16 y detección de VPH, lo que hace que este subgrupo de tumores sea poco comprendido. Los estudios moleculares en HNSCC se han enfocado en describir el perfil mutacional basándose en el estatus de VPH positivo o negativo, identificando diferencias en la carga mutacional en genes supresores de tumores. No obstante, hasta la fecha, en México no existen estudios sobre la biología molecular de los HNSCC considerando tanto el estatus de VPH como la expresión de p16. En este trabajo, se utilizó secuenciación de nueva generación, dirigida a genes con potencial accionable utilizando biopsias de la UMAE del Hospital de Oncología, CMNS XXl. Las variantes somáticas se clasificaron por su impacto clínico según la ACMG/AMP. El 87.3% de las variantes fueron de significado incierto, mientras que el 12.7% fueron posiblemente patogénicas. Se identificaron variantes somáticas en PIK3CA, EGFR, HRAS, FGFR4, DDR2, MYC. PIK3CA fue el gen más mutado en el grupo VPH positivo. Además, ciertas variantes afectaron la estructura proteica, mientras que el análisis de variantes intrónicas indicó que no hay afectaciones en el empalme (splicing) de ARNm.
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