Modelado molecular y caracterización energética de complejos Rho-GEF de Entamoeba histolytica y búsqueda de inhibidores potenciales de la proteína EhGEF1 - Sarmiento Muro, Juan Antonio (Universidad Autónoma Metropolitana, 2007)
Entamoeba histolytica es uno de los principales parásitos humanos que causan enfermedades en todo el mundo. Las GTPasas tipo Rho han sido implicadas en la reorganización del citoesqueleto de actina, transcripción de algunos genes y progresión del ciclo celular en células eucariontes tales como E. histolytica, lo que sugiere junto con otras evidencias que estas proteínas se encuentran implicadas en procesos de patogenicidad y de supervivencia del parásito. Se ha demostrado que la proteína EhGEF1 activa a dos GTPasas llamadas EhRacG y EhRho1. En este trabajo se generaron a través del procedimiento de modelado molecular por homología las estructuras tridimensionales de los complejos que se forman durante el proceso de activación de ambas GTPasas. Estos modelos permitieron la caracterización estructural y energética del reconocimiento entre EhGEF1 y las dos GTPasas, lo que nos permitió: 1) determinar la contribución de residuos específicos de EhGEF1 para la formación y estabilización de los complejos, 2) hacer una análisis del proceso de activación para las proteínas Rho y 3) obtener detalles del mecanismo reconocimiento y selectividad de EhGEF1 sobre EhRacG y EhRho1, que es la suma de diferentes contribuciones y efectos: la alta identidad en secuencia, la presencia de aminoácidos esenciales para el reconocimiento y la presencia de mutaciones específicas cerca de la interfaz. Aprovechado la generación de los modelos, adicionalmente se realizó la búsqueda de la primera generación de inhibidores específicos para la proteína EhGEF1.