Evaluación de la estabilidad inducida a través de puentes salinos interdominio: un estudio de la enzima lacasa de Trametes versicolor - Herrera Zúñiga, Leonardo David (Universidad Autónoma Metropolitana, 2018)
Las enzimas han demostrado su capacidad adaptativa a la temperatura a través del tiempo mediante mutaciones precisas, muchas de ellas con un solo cambio de residuo. En el presente trabajo, desarrollamos una metodología para proponer y evaluar la estabilización de las interacciones iónicas de tipo puentes salinos en la estructura de la enzima lacasa. Esta enzima, es una, oxidorreductasa que se pliega en tres dominios de arquitectura similar a las inmunoglobulinas, y en ella se identificaron posiciones estructurales de alta probabilidad de fortalecer los contactos entre dominios mediante la inserción de un solo puente salino. Se modelaron diez mutaciones, junto a tres controles (dos positivos y uno negativo). El presente trabajo se evaluaron 17 sistemas, evaluados cada uno de ellos a tres temperaturas (298.15 K (25°C), 323.15 K (50°C), y 348.15 K (75°C), por triplicado generándose 153 simulaciones por dinámica molecular (25 a 30 ns) para tiempo total de simulación aproximado de 3 s. Los resultados demostraron que la metodología computacional usada mediante la combinación de triplicados en dinámica molecular, cálculos de energía electrostática utilizando la ecuación de Poisson-Boltzmann y agrupación de estructuras (clustering) basada en el análisis de componentes principales, es robusta y confiable. Adicionalmente, la aplicación de esta metodología mostró que las mutantes de arginina son mejores que las mutantes de lisina para conferir termoestabilidad, en la enzima lacasa de Trametes versicolor.